Después del Concilio de Trento, en muchos sectores de la Iglesia afloró un sentimiento de decepción con las medidas alcanzadas, ya que éstas no respondían a las expectativas puestas en los intentos de reformas en la Iglesia Católica, tras la Reforma Protestante. Surgirán de esta manera movimientos como el Galicanismo, el Jansenismo, el Quietismo y el Febronianismo que intentarán llevar a cabo ciertas reformas que no se habían abordado con Trento.
Entre las causas que impulsan a las Iglesias Nacionales a pedir reformas mayores nos encontramos con la gestión de Papas como Sixto V que centralizan todo el poder en el Papado y en Roma. Así que junto al fracaso de las expectativas puestas en el Concilio de Trento, ahora se suma la concentración de todo el poder de la Iglesia en el Papado y la Curia, dejando de lado al resto de la Cristiandad.
El Papado estaba más interesado en los asuntos temporales, políticos, que espirituales. Mientras que la Curia estaba totalmente italianizada, por tanto los Papas y Cardenales solo se fijaban en los intereses políticos de Italia, frente al resto de la Iglesia. Los Papas eran comprados por el poder político y los cardenales vendían sus influencias. El interés por la política era tan grande que durante todo este período (S. XVII y XVIII) prácticamente no hay disputas doctrinales, solo disputas de poder entre facciones dentro de la Curia.
Ante estas circunstancias las Iglesias Nacionales van a oponerse al absolutismo papal, fruto también del nacimiento de los estados modernos y las monarquías absolutistas que empiezan a aparecer por toda Europa. Hay oposición en las Iglesias nacionales alemana, francesa, en un momento dado española, y parte de la iglesia belga; aunque será Francia la monarquía más crítica con el absolutismo papal italiano.
En Francia las pretensiones de separarse de la supremacía romana comienzan con Luis XIV. El obispo Bossuet publica sus 4 artículos galicanos, buscando recuperar una antigua autonomía en la Iglesia en Francia, sin poner en dudar la doctrina, se quiere dar la autoridad de la Iglesia al rey.
Aunque Luis XIV se retracta de las ideas galicanas, algunos de sus principios perviven y dan lugar al jansenismo, aunque es más complejo, por ser un intento también de reforma doctrinal y moral. También buscaba la separación de Roma, para la autonomía en Francia.
Otro movimiento de reforma será el molinolismo o quietismo. En este caso se busca la espiritualidad por encima de las prácticas externas, como medida de contrarresto al barroco papal. El Josefinismo apoyado por la monarquía de los Augsburgo también buscó, ya en la ilustración, alejar la política religiosa austríaca del poder papal romano.
Por último, citar el Febronianismo que desde Alemania apoya una Iglesia nacional alemana. Entre sus doctrinas está la de aclarar que la infalibilidad no es del Papa sino de toda la Iglesia. Limita los derechos del Papa y de los obispos.